Le nouveau leader de Sg1 Cameron Mitchell avec Teal'c, Daniel et Vala partent dans une aventure souterraine en quête d'un trésor Anciens mais tout ne ce passe pas comme prévu
Daniel et Vala, qui sont liés entre eux par les bracelets, se retrouvent transporté dans une autre galaxie où ils font la connaissance des puissants Oris.
Le SGC rencontre des missionnaires à la solde d'une race de « Dieux », connu sous le nom d'Ori, et apprend que ces êtres très évolués non aucune tolérance envers ceux qui n'adhèrent pas à leur culte.
L'équipe essaye desepérément de retrouver le Lt. Col. Mitchell (Ben Browder) apres qu'il ait disparu en essayant de prendre contacte avec un groupe de combatant Jaffa légendaire.
Ba’al manipule des membres du Haut Conseil Jaffa pour faire échec à leur volonté de démocratie tandis que Cameron Mitchell fait face à une décision difficile quand il apprend qu’un de ses vieux amis est sur le point de mourir.
Daniel est retenu prisonnier sur un monde sous l’influence des Ori et le Prométhée se retrouve pris sous le feu ennemi quand SG-1 tente de le secourir.
SG-1 est capturée sur une autre planète quand un marché avec l’Alliance Lucian tourne mal. Pour ne rien arranger, la Porte des Etoiles de cette planète a disparu.
La visite d’une base de recherche située une autre planète organisée pour un groupe de diplomates étrangers tourne mal lorsqu’une espèce d’insectes insidieux se retrouve hors de contrôle.
Mitchell et Carter se retrouvent dans une autre dimension, les rendant invisibles au reste du personnel du SGC. Pendant ce temps, Teal'c et SG-9 découvrent que les Sodans ont été brutalement attaqués.
Vala Mal Doran prend contact avec le SGC depuis la galaxie mère des Ori et raconte l’histoire de sa vie clandestine dans un village de fidèles responsables de la construction de la flotte d’invasion Ori.
SG-1 découvre le village de Camelot sur une autre planète et doit faire face au système de sécurité de Merlin durant leur recherche d’une arme Ancienne.
L'équipe trouve dans un labo un hybride humain-goa'uld génétiquement modifié crée par Anubis, Il le ramene alors sur Terre afin de l'étudier. 
