Lorsque le SGC découvre la position exacte de la cité perdue des Anciens, une équipe d'expédition est créée et voyage jusqu'à la mythique cité d'Atlantis.

L'expédition Atlantis subit l'attaque des Wraiths, une race hostile ayant vaincu les Anciens. Le Major Sheppard doit alors organiser une mission pour secourir les prisonniers fait par les Wraiths.

La base Atlantis est menacée lorsque l'équipe découvre qu'une entité extraterrestre vie dans la cité. Pendant ce temps, les expérimentations de McKay avec les technologies des Anciens provoque certaines complications.

L'équipe Atlantis est en danger de mort lorsque leur Puddle Jumper se coince en traversant la Porte des Étoiles.

Après plusieurs rencontres avec le Wraith, l'équipe suspecte que l'un de leurs amis Athosians pourrait être un espion.

Sheppard et son équipe visite un monde ou personne n'a plus de 24 ans puisque les habitants effectuent un rite suicidaire qui, selon leur croyance, empêcherait le Wraith de venir sur leur planète.

L'équipe débarque sur un monde utilisé par le Wraith pour se nourrir. Mais les habitants de ce monde sont sur le point de trouver une façon pour devenir immunisé à l'attaque des Wraiths.

Les efforts de l'équipe pour créer une alliance avec une espèce nommée Genii sont menacés lorsque l'équipe découvre que leurs nouveaux "alliés" leur cache leurs propres plans.

Les tentatives de McKay pour collecter l'énergie d'une planète extraterrestre permettent à l'équipe de retourner sur Terre, mais l'équipe commence a avoir certains doutes sur la réalité des choses...

Atlantis est évacuée lorsqu'une énorme tempête menace la cité. Mais la cité tombe alors rapidement sous le contrôle du nouvel ennemi de l'équipe.

Le Major Sheppard joue dangeureusement au jeu du chat et de la souris avec des soldats qui ont pris le contrôle de la cité et qui détiennent Weir et McKay en otage.

Sheppard et son équipe enquête sur le crash d'un vaisseau Wraith et se retrouve coincé sur une planète avec un Wraith survivant de ce crash.

Plusieurs habitants de Atlantis sont infectés par un virus mortel, causant alors la mise en quarantaine de la ville.

L'équipe découvre une monde paradisiaque qui ferait un sanctuaire idéal pour les personnes fuyant les Wraiths. Cependant, les habitants de la planète croient que leur déesse ne l'autorisera pas.

Une femme est retrouvée en état de stase sur Atlantis. L'équipe est alors choquée de découvrir qu'il s'agit du Dr Weir, qui leur raconte alors son voyage 10 000 ans dans le passé de la cité.

L'équipe recherche un ZPM qui serait caché sur la planète Dagan, mais leurs nouveaux alliés ont leur propres motivations.

Avec la brève opportunité d'envoyer des données sur Terre, les membres de l'expédition Atlantis créer des messages vidéos pour leurs êtres chers.

Soumise à de terribles cauchemars, Teyla commence à se rappeller un temps où elle fût capturer par les Wraiths avec son père.

Lorsqu'un groupe de vaisseau ruche Wraith se dirige vers Atlantis, l'équipe établisse un plan pour s'échapper et détruire la cité. McKay dirige une équipe pour tenter de réactiver la plateforme orbitale des Anciens.

Un nouveau contigent militaire de la Terre est envoyé pour prendre les commandes d'Atlantis et la défendre contre l'attaque en cours par les Wraiths.